河川、湖沼（ダム貯水池）、地下水、汽水域、沿岸海域を対象として、採水と化学分析を行い、水質汚濁防止法に基づく公共用水域（公共利用のための水域や水路）の水質汚濁の状況の監視や、水質と水生生物の生育（成育）状況との関わりを把握します。
その他、底質調査、河川の流量観測、塩水遡上調査などの測定値は、生活環境の保全や健康の保護、水生生物を保全するための基礎情報として活用され、水質上の問題点や課題が見られる場合には、その改善策についての提案も行っています。
ダム貯水池や堰など湛水域における動植物プランクトンの種類と個体数・細胞数密度等を調査し、貯水池等の生態系を支える低次生産者の発生状況や水質との関係について把握します。水域内で赤潮発生等の問題が生じた場合は、その原因究明にあたるとともに効果的な抑制対策についての検討も行っています。

【主な調査実績】
・河川、ダム貯水池、海域などにおける定期的な水質・底質調査
・河口域における塩水遡上調査
・事業所排水などの水質分析
・水生植物や農作物・土壌などの化学成分分析
・ダム貯水池の濁水対策調査
・地下水水質の農業への影響調査
・工事などによる水産資源への影響調査
・ダム下流の河川環境の実態把握調査（水質と水生生物との関連性）
・沿岸生物の保全に向けた水質調査と保全対策の提案
・河川の汚濁負荷量調査と水質改善に向けた提案